Copa Airlines ha sido distinguida por su exitosa labor y continuo desarrollo por prestigiosas organizaciones:
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La revista América Economía le otorgó el Premio Excelencia en septiembre de 2001 por su “innovación, creatividad y liderazgo en la aviación”.
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Nombrada La Aerolínea más Puntual en marzo de 2002 por el Centro Operativo del Aeropuerto Internacional de la Ciudad de México reconociéndola como “la aerolínea más puntual del 2001”.
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Nombrada La Mejor Estrategia de Regionalización en Latinoamérica en noviembre de 2002 por la Revista Poder, Booz, Allen & Hamilton and Egon Zehnder Internacional reconociendo “el éxito en el desarrollo del centro de conexiones en Panamá, el cual contribuye al desarrollo continuo en América Latina.”
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El Premio Turismo Sin Fronteras en diciembre de 2002 por la Federación de Cámaras de Turismo de Centroamérica le fue otorgado en reconocimiento a “los esfuerzos realizados de más y mejores proyectos y actividades en beneficio de la integración centroamericana”.
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Nominada como la Aerolínea del Año de la OAG en abril de 2003 seleccionada por la OAG entre las aerolíneas del año en Centro, Sudamérica y el Caribe.
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Reconocida como Mejor Aerolínea en Desarrollo en abril de 2003 por la publicación AirFinance Journal que la nombra como la principal aerolínea en desarrollo del año.
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El premio Rosa de los Vientos a la “Mejor Aerolínea Internacional” en octubre 2003 le fue otorgado por la Asociación Colombiana de Periodistas de Turismo.
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Reconocida como una de las 10 empresas más admiradas en la región en febrero de 2005, fue listada por la revista centroamericana Estrategia & Negocios.
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Reconocida como una de las 50 mejores empresas donde trabajar en marzo 2005, fue listada por la revista centroamericana Summa.
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El Premio a la Exportación de Servicios en septiembre de 2005 le fue otorgado por el Ministerio de Comercio e Industrias de la República de Panamá.
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El reconocimiento como uno de los “10 Mejores Empleadores de Latinoamérica” en junio de 2004 y en octubre de 2006 le fue otorgado por la consultora en recursos humanos, Hewitt Associates y listada por la Revista AméricaEconomía.
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El Premio Bravo de la revista Latin Trade le fue otorgado a Pedro Heilbron reconociéndole como “Mejor CEO” en la categoría de negocios con ingresos menores de US$1000 millones de dólares.
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Una de las “50 Mejores Empresas de Panamá” en 2008 fue listada por la revista centroamericana Wise’ N Vest.
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El reconocimiento como Mejor Aerolínea de Centroamérica, México y el Caribe y Mejor Servicio de Cabina en el 2004, 2005, 2006 y 2008 fue otorgado por SkyTrax basado en una encuesta mundial de pasajeros.
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El Presidents Club es premiado en 2008 como El Club del Año entre los 27 Presidents Club a nivel del sistema de Continental Airlines.
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El premio Lifetime Achievement Award fue otorgado en julio de 2009 por la revista Airline Business a Pedro Heilbron y Copa Airlines por su excepcional influencia en la transformación de la industria de aviación.
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Presidents Club de Panamá obtiene en 2010 el Priority Pass Award por ser la sala que en Centro, Sur y Latinoamérica recibe más pasajeros con esta tarjeta.
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Copa Airlines es nombrada por World Travel Awards como la "Aerolínea Líder en México y América Central de 2011". Es el segundo año consecutivo que Copa Airlines recibe este reconocimiento, al que fueron nominadas otras tres aerolíneas mexicanas y centroamericanas.