A Copa Airlines foi reconhecida por seu grande sucesso e desenvolvimento contínuo por organizações de prestígio:

• O Prêmio Excelência em setembro de 2001 da Revista América Economia lhe foi outorgado por sua “inovação, criatividade e liderança na aviação.”

• Indicada a companhia aérea mais pontual em março de 2002 pelo Centro Operacional do Aeroporto Internacional da Cidade do México, reconhecida como “a companhia aérea mais pontual de 2001.”

• Reconhecida como a Melhor Estratégia de Regionalização na América Latina em novembro de 2002 pela Revista Poder, Booz, Allen &Hamilton and Egon Zehnder Internacional, ressaltando “o sucesso no desenvolvimento do centro de conexões no Panamá, o qual contribui para o desenvolvimento contínuo na América Latina.”

• O Prêmio Turismo Sem Fronteiras em dezembro de 2002 da Federação de Câmaras de Turismo da América Central reconheceu “os esforços realizados em cada vez mais e melhores projetos e atividades em benefício da integração da América Central.”

• Escolhida a Companhia Aérea do Ano pela OAG em abril de 2003 e selecionada pela OAG entre as companhias aéreas do ano na América Central, do Sul e do Caribe.

• Reconhecida como a Melhor Companhia Aérea em Desenvolvimento em abril de 2003 pela publicação AirFinance Journal.

• Recebeu o prêmio Rosa dos Ventos de “Melhor Companhia Aérea Internacional” em outubro de 2003 da Associação Colombiana de Jornalistas de Turismo.

• Reconhecida como Uma das 10 empresas mais admiradas na região em fevereiro de 2005, pela revista centro-americana Estratégia & Negócios.

• Reconhecida como Uma da 50 melhores empresas para se trabalhar em março de 2005, pela revista centro-americana Summa.

• Recebeu o Prêmio à Exportação de Serviços em setembro de 2005 do Ministério de Comércio e Indústrias da República do Panamá.

• Reconhecida como uma das “10 Melhores Empregadoras da América Latina” em junho de 2004 e em Outubro de 2006 pela consultora em recursos humanos, Hewitt Associates e pela Revista AméricaEconomia.

• O Prêmio Bravo da revista Latin Trade foi outorgado a Pedro Heilbron, reconhecendo-o como o “Melhor CEO” na categoria de companhias com receita inferior a US$ 1 bilhão de dólares.

• Uma das “50 Melhores Empresas do Panamá” em 2008, pela revista centro-americana Wise’ N Vest.

• Reconhecida como a Melhor Companhia aérea da América Central, México e Caribe e Melhor Serviço de Bordo em 2004, 2005, 2006 e 2008 pela SkyTrax com base em uma enquete mundial entre passageiros.

• O Presidents Club foi premiado em 2008 com O Clube do Ano entre os 27 Presidents Clubs em nível do sistema da Continental Airlines.

• O prêmio Lifetime Achievement Award foi outorgado em julho de 2009 pela revista Airline Business a Pedro Heilbron e à Copa Airlines por sua excepcional influência na transformação do setor da aviação.

• O Presidents Club do Panamá obteve, em 2010, o Priority Pass Award por ser a sala que na América Central, América do Sul e América Latina recebe mais passageiros com esse cartão.

• A Copa Airlines é nomeada pela World Travel Awards como a "Companhia Aérea Líder no México e América Central de 2011." É o segundo ano consecutivo em que a Copa Airlines recebe este prêmio, que foi indicado a outras três companhias aéreas mexicanas e centro-americanas.